像明朝一样，朝鲜王朝也实行海禁政策，在对中国朝贡的官船以外的其他船只设立种种限制。后来日本大名和商人数量急增，因朝鲜的种种限制而无法获利，不少人成为了倭寇，骚扰朝鲜沿海一带。出于国防方面的考虑，朝鲜于1407年开辟了东莱县富山浦（今釜山广域市）和庆尚右道都万户所在地的金海府乃而浦（今庆尚南道镇海市）为兴利倭船的入港地点。1410年，日本使送船（官方使者）的入港地点被限定于上述两地。 

当时，对马的早田左卫门太郎把持着对朝贸易的大部分利益。1426年，早田欲在庆尚左右两道各地进行自由贸易，并向朝鲜王府提出请求。朝鲜拒绝了，但却再开了蔚山的盐浦（今蔚山广域市)一港，作为代偿。

当时这些被开放的港口是日本船只指定的入港地点，然而在不久以后，越来越多的日本人定居于此，朝鲜对此加以了制止。富山浦、乃而浦和盐浦三港的倭馆被统称为“三浦倭馆”。

定居于朝鲜的日本人被称为“恒居倭”，其首领称为“头”，施行自治政策。恒居倭中有些人因为倭馆内的人口过剩而居住于外，从事渔业或农业，开展秘密贸易并逐渐倭寇化。当初朝鲜王府对恒居倭行使征税权和检断权，给予了恒居倭的生活以很大的压力。1510年（朝鲜中宗5年），因贸易冲突，加上荠浦的4名恒居倭被朝鲜军队误当作倭寇杀害，导致了荠浦恒居倭对朝鲜王朝的不满，恒居倭首领大赵马道、奴古守长率日侨“持械抗议”。阴历4月4日，对马岛主宗盛亲派宗盛顺出兵约四五千人至朝鲜，支援恒居倭以三浦为据点发动大规模叛乱，日本史称“三浦之乱”，朝鲜史称“三浦倭乱”或“庚午倭变”。根据《朝鲜王朝实录》记载，恒居倭身穿甲胄手持弓箭攻打城池并洗劫城下民居，先后攻陷釜山浦、荠浦，釜山浦守将阵亡，荠浦守将被俘虏。随后又攻击永登浦和熊川镇。庆尚右道兵马节度使金锡哲、观察使尹金孙等人先后向朝鲜朝廷告急。朝鲜中宗立即召集领议政金寿童、左议政柳顺汀、右议政成希颜等朝廷重臣商讨对策。最终决定派黄衡为左道防御使，柳聃年为右道防御使率军平叛。倭军由釜山浦攻击东莱城，由荠浦攻击熊川城。但在朝鲜的抗击下，倭军受挫。4月9日，一部分倭军撤回对马国。倭军在朝鲜的势力退往荠浦一城。对马岛主宗盛亲亲自同朝鲜讲和。朝鲜一面答应，一面继续攻击荠浦。4月19日，朝鲜收复荠浦，倭军全部退往对马岛。6月末，倭军再次来攻，被朝鲜击退。这次叛乱以朝鲜官军的胜利告终，朝鲜关闭了倭馆，朝日邦交完全断绝。后来，因对马的多次交涉，朝鲜与对马于1512年签订了壬申约条，朝鲜同意再开荠浦一港同日本贸易，倭馆又重新开放。 

后被称为“釜山浦倭馆”。其旧址位于今釜山广域市东区子城台。行政上属于北方东莱县管辖。军事上属于西方万户营厅管辖。1494年约有450名日本人居住。1510年三浦之乱后曾短暂关闭，1512年对马与朝鲜签订壬申约条之后重开荠浦一港，1521年恢复富山浦倭馆。1592年丰臣秀吉出兵朝鲜之际，釜山浦倭馆依然存在，为三浦倭馆中历史最为悠久的一个。 

亦称荠浦倭馆，位于今庆尚南道镇海市荠德洞槐井里。当时属于北方的熊川县管辖。乃而浦是当时最大的倭馆，1494年馆内在住的日本人达2500人。来到朝鲜的日本人数量突破了日、朝双方规定的上限，朝鲜开始遣返一部分日本人，但在朝日本人人数依旧在增加。1510年，朝鲜对日本人的贸易进行制裁，导致了三浦之乱的发生。随后乃而浦倭馆被关闭。1512年对马、朝鲜签订壬申约条后再度开放。1544年又因倭寇事件而被再度关闭，此后便永久关闭了。 

位于今蔚山广域市中区盐浦洞。当时行政上属于蔚山旧市街置下的蔚山郡厅管辖，军事上归属于庆尚左道兵马节度使统治。1426年开港。1494年共有150名日本人居住。1510年三浦之乱后被封锁，二度恢复后又被关闭。为三浦倭馆中规模最小、存在时间最短的一个。 

为了迎接希望通交的日本大名和商人，朝鲜王朝在首都汉阳（今首尔）设立了“东平馆”，亦通称为“倭馆”。但是东平馆只是纯粹的接待日本人的一个建筑，里面并无日本人定居。该地区被称为“倭馆洞”，于20世纪初依然存在。日本统治时代改称为“大和町”。现为首尔特别市中区忠武路。 

1592年，由于日本入侵朝鲜（壬辰倭乱），两国断绝了外交关系。战争之后，对马遣使赴朝鲜，请求再开贸易，多被送归。但是被朝鲜捕虏将被遣返的人作出了必死的努力，因此在1607年，朝鲜派出通信使赴日，决定恢复外交关系。对马藩担当了江户幕府与朝鲜王朝进行外交交涉的使命，在釜山设立了倭馆，被赋予了对朝贸易的独占权。1609年，己酉条约缔结后，对马藩在名义上成为朝鲜的外藩，朝鲜授予对马藩藩主官职，承认其作为“日本国王使者”所拥有的特权。然而除了一次例外，日本使节赴汉城的行为是不被允许的。而日本人离开倭馆外出也是被禁止的。

1607年，朝鲜王朝又在豆毛浦开设新的倭馆。其址位于今釜山广域市东区佐川洞附近，占地约一万坪。豆毛浦倭馆被称为古倭馆，其内部以宴享厅（使者的应接所）为中心，由对马藩建造，建有馆主家、客馆、东向寺、日本方面的番所、酒屋以及其他日本家屋。1647年，由对马藩任命的馆主常驻馆内。因豆毛浦倭馆地势狭小交通不便，贸易难以发展，因此多次向朝鲜王府提出迁移倭馆的请求。1673年，朝鲜王府同意了请求，并于1678年将倭馆从豆毛浦迁至草梁。

建于1678年，位于今釜山广域市中区南浦洞龙头山公园一带，占地约十万坪。相对于豆毛浦倭馆，草梁倭馆被称为新倭馆。依龙头山的广大敷地而建，有馆主屋、开市大厅（交易场）、裁判厅、浜番所、 弁天神社等其他神社以及东向寺、日本人（对马人）住居等建筑。

被允许居住在倭馆内的日本人，在对马藩派遣的馆主之下，有代官（贸易担当官）、横目、书记官、通词的役职者及其属官，以及小间物屋、仕立屋、酒屋的商人。亦有数名学医者和朝鲜语学习者滞留馆内。当时，朝鲜王朝医学先进，不少日本的藩医和町医来到倭馆，学习内科、外科、针灸等医学知识。1727年，日本儒学家雨森芳洲在对马府中藩设置朝鲜语学校，其中优秀者获得赴倭馆留学的资格。估计长期滞留倭馆者约有400人至500人左右。 

中世的倭馆贸易为：日本方面输出铜、硫磺、金，以及经琉球而间接获得的南方特产、赤色染料苏木、胡椒等香料类商品，转卖朝鲜；朝鲜方面的输出品以木棉和绵为中心。在中世，木棉尚未在日本进行大规模种植。直到江户时代，日本才没有进口木棉的必要。日朝之间正式的官方通交贸易往往是朝鲜将大藏经等书籍输入日本。

近世的倭馆贸易是：日本方面输出银（倭银）、硫磺、金以及其他南方特产；朝鲜方面则输出人参、虎皮等朝鲜产品。江户时代前期，朝鲜最大的输出品为生丝、绢织物等中国产品。当时日本绢品质差劣，高级衣料多使用中国绢。因倭寇的骚扰，明朝与日本关系恶化，明朝禁止了日本船入港，致使日本无法获得中国绢。而朝鲜却能通过对中国的朝贡贸易和国境贸易获得大量中国绢。对马藩因此通过倭馆贸易从朝鲜买入丝绸，垄断了日本的丝绸贸易，获得了巨额利益。对马藩虽然是外样大名，但该藩的实际俸禄高达十万石以上，比其他外样大名高。

然而18世纪日本的绢生产技术得到了提高，购入的中国丝绸数量开始减少，釜山的倭馆贸易受到了冲击。虽然朝鲜禁止向日本人传授种植人参的方法，但后来日本国内仍旧成功栽培了人参。另一方面，日本国内银产量锐减，银的输出被禁止，铜和金成为主要输出品。因此在18世纪以后，倭馆贸易就衰退了。 

1867年，对马藩家老来到釜山倭馆，向兴宣大院君通告了江户幕府垮台、明治政府成立一事。因江户时代对朝通交时幕府将军皆称“日本国大君”或“日本国王”，朝鲜以“日本新掌权者自称皇上”的理由拒绝接受国书。

1871年，日本废藩置县，对马藩被废除，对朝鲜的外交权由外务省接收。1872年，日本外务丞花房义质到达釜山，要求接收倭馆，改为日本公馆。朝鲜十分强硬地拒绝了这一要求。日朝之间因此产生了不少外交问题，日本国内支持“征韩论”的势力逐渐抬头。

在1875年9月的江华岛事件中日本用大炮和军舰轰开了朝鲜的国门。1876年2月26日，日朝双方签订《江华条约》（강화조약），朝鲜承认日本外交使节可以在汉城驻留，并废除了倭馆。釜山倭馆的200年历史至此结束。