地球上的少年天宇偶然穿越到一个陌生的世界—托里亚王国，并遭到巨型生物—神魄的攻击，幸好被召唤者左木和乌鲁鲁所救。天宇被带到托里亚王国的宝殿，并了解到，自己是做为托里亚的救世主被召唤而来的。因为托里亚的召唤者数量渐少，罗琳女王期望能从地球召唤一名勇敢又可靠的召唤者过来帮助他们，但没想到召唤来的是一脸担忧且慌张的天宇。众人正在怀疑天宇的能力，士兵来报称几名破天石采集队员在迷宫溪谷遇到野生神魄袭击，托里亚的王牌召唤者小队——达克斯队获命出发营救。天宇趁机逃了出来，却误打误撞栽进了达克斯的卡车中。在迷宫溪谷，天宇再度被野生神魄追撵，危急时刻掉入山洞。突然，山洞中光芒骤亮，一只神秘的金色神魄出现在天宇面前。

天宇和赤焰雄狮成功建立连系，证明了其具备召唤者的连系能力。天宇很想回地球，但只有诞生破天石才有可能让他回去。天宇不得已，只好成为达克斯队一员，跟随小队四处游历，试图寻找诞生破天石。达克斯队是托里亚王国的精锐部队，专门解决托里亚国境内与神魄和召唤者有关的纷争。天宇随小队一起出任务来到美座湖村，还无法随意使用连系能力打磨破天石的天宇，被伊格队长下令留守大篷车基地。到处乱晃的天宇被一只野生神魄金刚冥猩误会成伤害村民的坏蛋，双方发生冲突。关键时刻，天宇的连系能力被激发，成功打磨出破天石，令赤焰雄狮神魄进化，挡住了金刚冥猩的攻击，并拔出了金刚冥猩背上的鱼叉。从金刚冥猩那里，天宇得知了袭击美座湖村的，是一个名叫九点钟队的坏蛋团伙。

左木和乌鲁鲁教天宇踩再驾悬浮滑板，笨手笨脚的天宇屡次踩着悬浮滑板撞赤焰雄狮，两人大吵一架。赤焰雄狮一气之下，离家出走了。拉雅山丘，坏蛋团伙九点钟队正在盗挖破天石，达克斯队接到报警，迅速出动，还没学习踩悬浮滑板的天宇又被下令留守。此时，两名九点钟队的成员捕获了离家出走的赤焰雄狮，并向达克斯队发出警告，要想释放赤焰雄狮，那以后都不能阻碍九点钟队的行动。听闻赤焰雄狮有危险，天宇潜能被激发，踩上还未熟练的悬浮滑板便冲了出去。抓住赤焰雄狮的是九点钟队的活宝——狄杰狄文兄妹。天宇救出赤焰雄狮，并激发连系能力，成功制造出合成破天石，打败了狄杰和他的神魄搭挡帝王蝎。左木和乌鲁鲁适时赶到，狄杰狄文兄妹落荒而逃。

天宇打跑毒蛸虫救下了农夫，为表示感谢，农夫送给天宇等人芋头布丁。开心的天宇一心想着布丁，却没察觉到狄文狄杰兄妹正在附近窥视着他们的动静。吃过午饭想要好好品尝布丁的天宇发现，自己的布丁不见了。他怀疑乌鲁鲁，又怀疑左木，三人之间的关系因为一块布丁闹僵了，达克斯的其他成员们哭笑不得。这时，伊格接到报警信号，称峰海森林遭到毒蛸虫袭击。其实这是狄杰设下的陷阱，他想要一雪前耻，打败天宇。赶来的天宇避开了陷阱，正要收拾狄杰，却发现破天石链子不见了，只得踩着悬浮滑板带着赤焰雄狮在森林里四处躲避狄家兄妹的攻击。危急时刻，左木和乌鲁鲁赶到，三人合力一举打跑了狄家兄妹。天宇、左木和乌鲁鲁关系和好如初，这时，天宇才发现，原来布丁是被初夏吃了！

在一次山洪暴发中的营救行动中，天宇成功解救遇难人员，得到了队员一致的认可。紧接着，玛苏山发生大规模坍塌。达克斯队出发搜救。途中，天宇和赤焰雄狮首先到达玛苏山西麓，发现一个大洞，听说里面有美食，天宇和赤焰雄狮一起进入洞内，没想到，玛苏山发生再次坍塌，天宇奋力让赤焰雄狮逃出洞外，自己被困在山洞里。伊格等人欲实施营救，但山洞极其脆弱，一不小心就会完全崩塌，只能在入口的大岩石上开一个小洞，让天宇爬出来。众人把希望寄托在赤焰雄狮身上，赤焰雄狮却一直没法很好地控制力量，它没有自信能够安全救出天宇，心情沮丧。最后，天宇向赤焰雄狮传达了自己的心声“我相信你”，凭着对彼此的信任，赤焰雄狮终于克服掉心理障碍，控制好自己的力量，成功救出天宇。

桃子村位于托里亚国内陆，那里有种神秘的资源，威力无法预估。某天，桃子村突然发来紧急求救信号——他们被九点钟队袭击了。伊格命令天宇等人前往一探究竟。天宇、左木、乌鲁鲁等人一到桃子村就发现异样，水井里的水全变成了粉红色，女人们也全呈癫狂状态，紧追着天宇几人。在躲避追逐的途中，众人见到了桃子村的长老，这才得知，村后山有一口“狂乱之泉”，喝了此泉水的人会变得疯狂。九点钟队的人霸占了此泉，并将它混入了村里的水井，才造成了这样的混乱局面。查找到根源的天宇等人前往后山，寻找唯一能解除“狂乱之泉”的“解毒之泉”。然而，却遭遇九点钟队的召唤者——赫强，以及他的神魄八岐腾蛇。赫强和八岐腾蛇实力强劲，设陷阱让天宇、赤焰雄狮落单，意图一举将他们拿下，但最终没能得逞。天宇和赤焰雄狮找到了“解毒之泉”，解除了桃子村的危机。

为了追捕九点钟队，天宇单枪匹马冲入湖滨村，打跑了狄杰，但也吓坏了小女孩小琪。追赶天宇而来的左木宽慰小琪，并欣然答应小琪的请求——帮助修补破损的房屋。另一边，伊格和乌鲁鲁等人前往湖滨村附近山谷的废仓库搜索逃跑的九点钟队大部队，夺回被抢的破天石。藏身在废仓库中的狄杰让狄文一个人去拖住左木和天宇，自己在这边拖住乌鲁鲁，好给九点钟队大部队的撤离争取时间。狄文扮作娇弱的少女，请求天宇和左木施予援手，想趁机偷袭，但中途露了馅。左木和狄文做一对一对决，狄文本想利用左木对女生温柔的弱点展开攻势，却没料到左木对战时毫不留情，狄文和赤影狂蜂很快就被天翔飞鸟的必杀技击中，灰溜溜地被卷到空中。结束战斗的左木又恢复了温柔的形象，大家对温柔优雅的左木赞不绝口，天宇和赤焰雄狮却深刻意识到：这家伙才是最恐怖的！

达克斯大篷车行至一处野生神魄聚集区抛锚了，众人准备前往前面的南田村修理大篷车，却遭遇九点钟队。九点钟队觊觎南田村附近的破天石之泉，乌鲁鲁和天宇赶到，打跑了九点钟队。进入南田村的众人意外发现，这里曾是乌鲁鲁的修行之地，村长古普正是乌鲁鲁的师父。从古普口中，天宇等人得知了乌鲁鲁的转变。以前的乌鲁鲁，傲慢自大，浮躁，对待古普布置的修行课程，总是心不在焉，敷衍了事，也从不为别人考虑。之后，乌鲁鲁接连遭遇两次打击，一是与苍穹蛟龙连系失败，二是在光之神魄强大的力量面前无法动弹，他认识到自己的弱小与不足，开始奋发努力，谦逊稳重，认真对待古普布置的修行课程，也因乌鲁鲁的转变对他改观，在与光之神魄的对峙中，成功同乌鲁鲁建立连系。

达克斯队接到紧急命令出发，前往碧波溪谷，睡在载货仓中的艾莉也被带了去。九点钟队在碧波溪谷部落大肆掠夺破天石，达克斯队赶到，左木和乌鲁鲁迅速阻止了他们，天宇晚了一步，正在懊恼，突然出现赫强的身影。想帮忙的左木和乌鲁鲁被狄杰、狄文缠住，为免部落因神魄的战斗而再次遭受更大的损害，伊格令左木、乌鲁鲁将狄家兄妹引开。天宇一人对战赫强，却没料到，赫强竟然拥有两只神魄！而且神魄霸王棘蛙竟然能令破天石失效！天宇和赤焰雄狮陷入困境，这时，众人在车上发现了艾莉。伊格当机立断，下令撤退。带上艾莉离开的天宇和赤焰雄狮被霸王棘蛙偷袭，艾莉和天宇他们走散，追来的霸王棘蛙盯上了艾莉。就在霸王棘蛙逼近艾莉时，赤焰雄狮和天宇赶到。但霸王棘蛙摧毁了天宇的所有破天石，赤焰雄狮危机重重。这时，艾莉感应到了强烈的破天石原石的气息。赤焰雄狮一人抵挡八岐腾蛇和霸王棘蛙的双重攻击，渐渐不支，危急时刻，艾莉带着高纯度原石赶到。天宇发挥出超常的力量，制造出了威力巨大的合成破天石，赤焰雄狮趁势逆转，赫强和他的两只神魄再度灰溜溜地逃跑。

伊格前往泽都城出席会议，带上了天宇前往。泽都城是著名的旅游胜地，但是禁止神魄进化，一旦违反规定，就会被罚以天价罚金。伊格叮嘱初夏带着天宇游玩，初夏却忙着逛街，扔下了天宇和赤焰雄狮。天宇拿着旅游手册在城里四处逛，却遇上同样前来游玩的狄家兄妹。三人见面，分外眼红，几句话不对就要开打，此时，泽都城的纪律长胡秋夫人带着小凯出现，喝令三人禁止神魄进化。三人悻悻散开，继续闲逛，却处处碰到。在一家冷饮店，因为客人众多，三人被凑成了一桌，别扭之时，终于发现原来三人拿的是同一本旅游指南！这时，外面传来呼救声，小凯失足掉下河中。情急之下，天宇不顾罚款处罚，令赤焰雄狮神魄进化，狄杰、狄文受天宇触动，也相继令帝王蝎和赤影狂蜂神魄进化，合力救起了小凯。即使是为了救人，天宇也不能免于罚款，只好逃跑。最后因违抗命令，被伊格罚去扫厕所，天宇抓狂。

达克斯队在海边遇到了水栖神魄冥海玄鲛和威克爷爷，威克爷爷爱上了他们做的美食。从威克爷爷那里得知，冥海玄鲛虽然是水神会的领袖候选人，但他胆小贪玩的性格让威克爷爷很失望。天宇理解冥海玄鲛，并和冥海玄鲛一起玩耍。这时，他们接到小水栖神魄被困海边悬崖的消息，在天宇和赤焰雄狮的帮助下，他们成功营救了被困的小水栖神魄，而天宇说的“因为我们是朋友嘛”更让冥海玄鲛非常感动，因为第一次有人对他说这样的话。与此同时，达克斯队获知九点钟队开始盗采破天石的消息，前去围捕。狄氏兄妹打算溜走，不料正好遇上返回沙滩的天宇和赤焰雄狮，双方立即开战。可是，赤焰雄狮不适应沙滩作战，被帝王蝎和赤影狂蜂围攻，情况危急。为了朋友，冥海玄鲛克服内心的恐惧，爆发出惊人的力量，帮助赤焰雄狮打败了帝王蝎和赤影狂蜂。而九点钟队也被及时赶到的达克斯队打败，落荒而逃。

回到达克斯的基地之后，蓝斯接到去国界附近协助探测破天石矿脉的任务。九点钟的基地里，狄杰在向新人历克吹嘘自己的本事时遭到赫强的嘲笑，狄杰向历克暗示赫强的品性很差。这时，九点钟队收到托里亚国开辟新破天石矿场的消息，派赫强带历克前去抢夺破天石，狄杰再次告诫历克好自为之，离赫强远点，这让历克一头雾水。蓝斯帮助破天石采集队探测好矿脉走向准备离开时，矿场遭到九点钟队的袭击。伊格队长立刻部署支援任务。但是心急的天宇不顾队长的命令，带着赤焰雄狮独自赶去支援。就在采集队苦苦支撑的时候，天宇和赤焰雄狮赶到矿场，立刻和赫强展开战斗。赫强依仗两只神魄，本以为能轻松战胜天宇，谁知却打了个旗鼓相当。气急败坏的赫强便利用天宇注重友情的弱点，用受困的蓝斯威胁天宇，让天宇投鼠忌器不敢全力进攻。而抓住机会的赫强，连续发动进攻，让天宇处于被动挨打的境地。但是，天宇不言放弃，终于拖住赫强等来左木和乌鲁鲁。在三人的联合攻击下，赫强让历克当盾牌，自己先逃跑了......

九点钟队穿越托里亚国境，逃向了新格兰国。涉及两国外交问题，托里亚与新格兰召开圆桌会议，会议上新格兰大使言语上辱没达克斯，天宇气愤不已，为决心证明达克斯的能力，天宇偷偷前往新格兰国寻找九点钟队的踪迹。可是半路上被托里亚国的卫兵发现，还被当作可疑的侵入者四处追撵，整个托里亚的首都智希城被搞得鸡飞狗跳。伊格明白了天宇的决心，向罗琳女王提议，达克斯队可以以平民身份前往新格兰国，不代表托里亚国，罗琳女王准允。天宇和他达克斯队的伙伴们奔向新的旅程。

达克斯队众人来到托利亚和新格兰的边界，准备跨越边界进入新格兰追击九点钟队，不过由于未能及时通关，达克斯队被滞留在边界等待通行。天宇急切地希望能够追击九点钟队，悄悄地潜入新格兰的哨所，却意外滚落山丘，和赤焰雄狮失散。天宇被泉泽村的一户农家所救。此时，村子附近的小型破天石矿场遭受九点钟队的袭击，天宇前去迎击，由于没有神魄的帮助，天宇陷入危机。千钧一发之际，金刚冥猩带着赤焰雄狮及时赶到，和天宇一起击退九点钟队。就在天宇正要离开的时候，新格兰的治安部队长凌宇轩误以为天宇是九点钟队成员，向他发起攻击，危机时刻，达克斯的炮火支援赶到，救走了天宇。在伊格的教育下，天宇认真反省了自己的错误。众人顺利进入新格兰。

达克斯队来到新格兰的康景村，为了生计开始神魄杂技团表演。天宇提出大家可以像赫强那样拥有两个神魄。赤焰雄狮误以为天宇对自己不满，两人闹起了别扭，赤焰雄狮负气出走并遇上了村长的孙子向阳，向阳也误会他的好朋友元航有了新朋友乐荣就不搭理自己了。赤焰雄狮觉得自己同向阳处境相同，两人坐在大树上谈心，但此时，突然传来轰隆隆的声音。原来是九点钟队在溪谷森林里开矿，野生神魄轰天巨象群受到惊吓，朝村庄方向涌来。向阳也一个不慎滑下，吊挂在树枝下，赤焰雄狮想救向阳，却有心无力，心中呼唤天宇。天宇感应到了赤焰雄狮的呼唤，踩上滑板迅速赶往溪谷方向，救下了众人。溪谷入口，达克斯正奋力地阻挡着轰天巨象群，但仅靠苍穹蛟龙和天翔飞鸟的力量已无法阻挡。千钧一发之际，天宇和赤焰雄狮出现在现场，阻止了更大的灾难。

达克斯追着失控的轰天巨象群来到遗迹小镇达洛城，却发现轰天巨象们惊恐地从镇上逃离。达克斯感到很困惑，这时，一个自称遗迹调查团长的中年男子贾福道出了原因——这一切都是因为遗迹里的恶魔。贾福高薪聘请达克斯队当保镖，和他一起进入遗迹寻宝。经济陷入困境的达克斯队无奈地接受了这个任务。在遗迹通道里，他们闯过重重机关，遇到了传说中的恶魔——超限机械兵，正当大家准备战斗的时候，超限机械兵却激动地拉着乌鲁鲁，称呼他“法老”。并讲述了它和法老之间主仆情深的故事。超限机械兵热情地邀请大家品尝它做的炖品，但是贾福却更关心这里的法老宝藏，原来他的真实身份是盗墓团团长，贾福为了抢夺超限机械兵使用了上千年的“古董”炖锅，召唤出蜘蛛神魄，双方展开一场激战。在战斗中，乌鲁鲁和超限机械兵连系成功，合力打败了盗墓团。超限机械兵从此成为乌鲁鲁的第二个神魄。

达克斯队来到牧空河畔的芙甲部落，河面生起大雾，大篷车没法过河。此时，大家听到争执声。原来，芙甲部落的谷鲁在牧空河翻船，不见踪影，米娜坚称谷鲁是被一个螃蟹形状的大怪物抓走了，伊格和左木怀疑此事和九点钟队有关，决定下河探探情况，一行人到了河中的小岛。小岛上横亘着一面泡泡墙壁，伊格和天宇被吸入，天翔飞鸟被反弹的攻击击伤。被吸入泡泡墙壁的天宇和赤焰雄狮，掉进了一个大洞穴中，发现神魄黄道巨蟹唱着跑调的歌，正朝伊格逼近。赤焰雄狮神魄进化，发出炎爆冲击，结果被黄道巨蟹的泡泡墙壁反弹，左木赶来，黄道巨蟹见到左木，立刻又开始唱跑调的歌。这时，通信机中，传来洪水即将来袭的消息。浓雾天气，再加上天翔飞鸟翅膀受伤，大家一时陷入困境。在黄道巨蟹的请求下，左木和它建立了连系，黄道巨蟹获得了神奇的治愈力量，发出圣光泡泡，天翔飞鸟和赤焰雄狮伤势痊愈。此时洪水已经逼近小岛，巨浪滔天，危急时刻，黄道巨蟹发出泡泡光沫，化险为夷。

随着超限机械兵和黄道巨蟹的加入，达克斯变得异常热闹，左木和乌鲁鲁都找到了第二只神魄，天宇有些羡慕，此时，他突然感应到了他的第2只神魄的气息。伊格带天宇和左木进入庙宇大殿探路。黑暗中响起了诡异的声响，一个黑影袭向他们，伊格剑术高超，两三招就解决掉偷袭者——那竟是个小老头！小老头老僧称，他知道那只神魄的所在，但在告诉天宇之前，天宇必须完成他吩咐的所有事情——劈柴、挑水、清扫整座庙宇。赤焰雄狮认定老僧是个骗子，但天宇却坚信老僧能带他找到第二只神魄。在同伴们的帮助下，天宇完成了所有工作和考验。突然，悬崖上，大雾弥漫，老僧失踪，隐翅虫现身。赤焰雄狮不断攻击隐翅虫，但隐翅虫速度极快，赤焰雄狮招招落空，最终，竟被打回小形态。天宇却在打击之中冷静下来，想起老僧的提点，悟出了这场最终考验的真相。最终，天宇破解了这出幻境。这时的天宇和赤焰雄狮才发现，原来，老僧，竟然就是隐翅虫！

蓝斯贪小便宜用破天石去换取新格兰的特产皮卡罐头，用光了达克斯库存的破天石。达克斯只好前往附近的一个废弃的破天石矿场寻找破天石。他们在经过矿场附近的海边渔村时，发现渔村遭到了野生神魄八尺石居的袭击。为了保护村民和渔村，天宇等人和八尺石居展开了一场大战。但是由于破天石不足，天宇等人只能苦苦支撑。看到这种情况，自责的蓝斯为了弥补过错，独自前往被野生神魄占据的破天石矿场。在天宇等人的努力下，村民都被救到安全的地方，而此时，天宇等人的破天石也消耗殆尽。八尺石居开始了反击，除赤焰雄狮外，其他神魄都因能量耗尽被打回原形，大家陷入险境。危急时刻，蓝斯及时带回来充足的破天石，恢复元气的神魄们联手击败八尺石居，解除了危机。

达克斯一行来到哈丘小镇温泉中心，伊格嘱咐天宇千万不能暴露身份。这时，凌宇轩也来到了这里，和天宇再次见面，两人都觉得对方有些熟悉，但都回想不起到底在哪里见过。神魄浴场，赤焰雄狮回忆着和夜幕之翼的打斗，这时夜幕之翼走了进来，超限机械兵突然掉落了一颗螺丝，失控并误伤了赤焰雄狮，夜幕之翼帮忙制服了超限机械兵，此时苍穹蛟龙终于找到了超限机械兵掉落的螺丝，一插进去，超限机械兵还是失控，并撞到了毛巾堆，赤焰雄狮被埋在毛巾堆下面。男浴场，在天宇的介绍下，凌宇轩和左木、乌鲁鲁、蓝斯一起泡温泉。天宇和凌宇轩开心地聊天，黄道巨蟹突然跑来想和左木一起泡温泉，左木哭笑不得。临别时，天宇和凌宇轩相约下回见面，一定带上自己的神魄比赛一场。在晚霞的映照下，天宇和凌宇轩朝向两个不同的方向离开。

达克斯队经过野生神魄保护区，遭到赫强和双狄兄妹的偷袭。天宇和赫强对战，发现八岐腾蛇和霸王棘蛙居然“结婚”了，战斗力大增，幸而隐翅虫巧妙地破掉了两者的联手。天宇在追赶赫强的时候迷路，遇到了被左木、乌鲁鲁打败的双狄兄妹。双方正准备战斗的时候，一只走失的小彩虹神魄出现让他们暂时停止争斗，一起帮小彩虹神魄找回家的路。就在他们帮小彩虹神魄找到爸爸时，赫强也被左木、乌鲁鲁追赶到此。赫强准备再次和天宇等人大战一场。但是双狄兄妹认为在这里开战会伤害到彩虹神魄，不愿帮他。生气的赫强出手击伤想要保护孩子的小彩虹神魄爸爸，引起公愤。同时，凌宇轩率领的治安部队也赶了过来。凌宇轩将天宇等人也当成九点钟队成员，展开战斗，天宇等人被压制住。赫强趁机想偷袭天宇等人，出手时打伤了妨碍他的小彩虹神魄爸爸，大家都认为他的行为罪不可恕，凌宇轩和天宇相继出手，打飞了赫强。就在凌宇轩准备再次抓捕天宇等人时，接到了撤退的命令。天宇等人侥幸逃过一劫。

经历一场战斗的达克斯，稍作休整，即时向九点钟队的本部基地——库洛山挺进。新格兰首都斯达卡，凌宇轩质问陆虎为何临时撤回治安部队，却被陆虎告知，治安部队的任务，已由对付九点钟队转为回防斯达卡。凌宇轩忿忿而去，正生气时，察觉陆虎秘密从后门外出。此时，在库洛山，狄杰、狄文在卡哨前无聊地检查着通行的车辆。狄文回忆着之前的战斗，开始对“九点钟队是正义的”这点产生怀疑，但狄杰对雷洛仍坚信不已。这时，来了辆可疑的运输车，司机称车上装的东西，只有经过雷洛队长的允许才能打开。狄杰、狄文疑心起，跟踪这辆车，却发现，从车上下来的人，竟然是新格兰的军事大臣陆虎！因为发现了陆虎和雷洛之间的关系，狄杰、狄文被赫强打出了九点钟队，正好，赶到库洛山的达克斯救起了他们。同样发现这一真相的还有跟踪陆虎而来的凌宇轩，但他还没来得及揭发陆虎就被撤职。葛南重回治安部队队长之位，陆虎开始实施他蓄谋已久的计划。

跟赫强大战一场之后，赤影狂蜂的伤病一直不见好转，嘴里一直念叨着“提米珍珠”。狄文、狄杰、天宇和艾莉来到海边寻找提米珍珠。在那里，黑巫虾魁告诉他们，提米珍珠在海边洞窟里，里面很危险。但为了治愈赤影狂蜂，众人毅然进入洞窟，却遭到了一些野生神魄的袭击，并误打误撞来到一个神秘的洞厅里。在这里，他们发现了描绘传说中“三魄神”大战漩涡霸主的壁画，而且也找到了提米珍珠。天宇等人拿着提米珍珠出来，黑巫虾魁却告诉他们这是假的，让他们回去再找。原来，黑巫虾魁想私吞提米珍珠，让天宇等人发现后，黑巫虾魁被打回海里去了。得到提米珍珠的赤影狂蜂立刻精神焕发，大家都惊讶于提米珍珠的神奇力量。而蓝斯却告诉大家，赤影狂蜂只是想要提米珍珠才故意装病的，大家无语。但狄文却很开心，只要赤影狂蜂安好，一切都值得。

凌宇轩虽然被撤职，但他仍一心想让大家认清陆虎的真面目，只是新格兰首都斯达卡已被陆虎的势力完全控制，凌宇轩四处碰壁。另一边，达克斯一行到达九点钟队基地库洛山，却发现库洛山已人去楼空。狄杰狄文带大家到九点钟队的基地——齐鲁城堡。达克斯当晚宿在库洛山附近，狄杰一心想得到重视，但此时，达克斯队各成员都在为明天的大决战作准备，狄杰四处碰壁，离开达克斯出走，途中遇到超限机械兵。他们无意中发现九点钟队045小队队长等人的行踪。于是，他装扮成预言家，从045小队队长口中得知治安部队和九点钟队已经联手，且明天就要攻打斯达卡。狄杰赶紧回达克斯报信。听闻消息的达克斯陷入困境，联合大军的实力绝不是达克斯能应付的。天宇的乐观和伊格的决心感染了大家，狄杰也答应加入达克斯作战，这时，金刚冥猩竟带来了百多名野生神魄，援手天宇。达克斯众人信心大振。旭日升起之时，齐鲁城堡前方，对决拉开帷幕。

天宇他们知道了陆虎的计划，在齐鲁城堡的必经路上行动，因天宇和狄杰的冲动而遭到九点钟队的埋伏，幸亏得到金刚冥猩等野生神魄帮助，接着前行时遇见岔道因为不明白路，所以左木和天宇分两路行动，左木他们在路上遇见路虎放出的三个神魄的攻击，而天宇则遭到了葛南的攻击，而这时凌宇轩及时赶到，化解了他和天宇的误会并拖住了葛南，天宇到达城堡时，遭到了雷洛的轰天猛犸。

天宇正在为对付雷洛犯愁，这时凌宇轩及时赶到，和天宇联手打败雷洛。陆虎最后时刻召唤出了传说中的漩涡霸主，其力量无与伦比，天宇等人的联合攻击也伤不了它一丝一毫。但醒来的漩涡霸主轻易就摆脱陆虎的操控，要去实现传说中的使命-毁灭这片大地。天宇等人拼死围攻，但却被漩涡霸主一一击溃。面对生死之战，赤焰雄狮在最后时刻仿佛回忆起一些奇怪的片段，正是这些回忆激发了它潜在的能量。凭著完美的一击，漩涡霸主在众人惊愕的目光之中被消灭。然而，赤焰雄狮却不知道这一切是怎么发生的。大战结束，陆虎被抓了起来，连同被抓的还有达克斯队，他们被控擅自越界。最后在西鲁亚的调解下，托利亚和新格兰达成协议，解散达克斯队。当天宇等人正为消灭了九点钟队，完成了任务而高兴时，队长伊格却道出达克斯队要被迫解散的消息，大家都惊讶不已...

达克斯被迫解散，天宇和赤焰雄狮来到西鲁亚，并救下一只炙热钢甲兽幼兽，得知有人在抓野生神魄。在平沙镇，天宇因钱包丢失而无法买东西吃，来自塔图的彭杰表示愿意请他们吃饭，并请他们帮忙转移神魄。天宇答应了，彭杰有意将天宇和赤焰雄狮分开，在天宇完成神魄转移后，发现赤焰雄狮不见了。天宇搜索着赤焰雄狮的踪迹，原来赤焰雄狮在彭杰手中，天宇救出了赤焰雄狮。原来，彭杰正是抓野生神魄的坏蛋，他的神魄是机械神魄装甲巨像，他的身体也有一部分是机械，他信仰绝对的科学的力量，并放言将来，塔图终会改变世界。因为装甲巨像被机械彻底改造，即使受伤，也能发动高强度攻击。天宇和赤焰雄狮焦头烂额之际，突然找到装甲巨像破绽-因为是机械，所以在一招攻击完毕后，需冷却才可进入下一轮攻击。装甲巨像大败，彭杰恨恨地带著装甲巨像逃走。此时，塔图的一名主力成员，出现在彭杰的面前。

天宇和赤焰雄狮在沙漠中晕倒，被关凯和幽暗灵猫救到了陵兰镇。镇上马上会举办一场神魄竞技大赛，关凯和幽暗灵猫也要参加，但两人却只想得个安慰奖就行。关凯的搭挡薛莉莉怒其不争，这时谭劲找上门来，邀请薛莉莉成为自己的搭挡。为了刺激关凯，薛莉莉答应了。看著薛莉莉跟谭劲离开，关凯深受打击。在天宇和赤焰雄狮的鼓励下，关凯决定重振旗鼓，让薛莉莉刮目相看！这时，天宇的视线中，出现向蒙的身影。天宇以为是自己眼花了，然而，向蒙确实也来到了这个异世。夜幕降临，陵兰后山，天宇和赤焰雄狮帮关凯和幽暗灵猫实行地狱训练。谭劲的同伙设计陷害关凯，将大岩石推下了山谷。关凯和大幽暗灵猫为了救谷底的小孩神魄们，不顾危险，堪堪挡住巨石，然而力量耗尽，眼看大石要压下，天宇和赤焰雄狮赶来，一招十字冲击，化解了危机。

神魄竞技大赛开赛，幽暗灵猫状况不断，赤焰雄狮惊豔追击，以破记录的成绩，带着关凯和幽暗灵猫出线。天宇和关凯一组一路闯入了半决赛，谭劲气恼不已，向关凯下挑战书-半决赛单打一场，谁输了就放弃与薛莉莉搭挡，关凯勇敢应战。半决赛是神魄自由搏击，库鲁布斯一开始就频频出击，幽暗灵猫屡屡躲过库鲁布斯的攻击。对决中，幽暗灵猫屡次倒下，屡次站起，并使出必杀反击，库鲁布斯反遭击倒，幽暗灵猫也支撑不住倒下。谭劲一心求胜，逼著库鲁布斯站起来，关凯却不忍幽暗灵猫再受伤，主动提出放弃。谭劲恼羞成怒，不顾库鲁布斯的生命安全，用破天石强行驱使它发招攻击，天宇和赤焰雄狮使出十字冲击，阻止了库鲁布斯。十字光芒夺目，关凯、薛莉莉、谭劲怔愣，原来天宇和赤焰雄狮居然是达克斯的成员！此时，看台上，向蒙也看到了这一切。因关凯和谭劲两败俱伤，冠军最终被其他人夺得。就在天宇告别关凯、薛莉莉，再次出发寻找诞生召唤石时，向蒙的雷暴机甲，袭击比赛冠军者的神魄！

天宇在出镇的街上遇到罗茂等三个吃霸王餐逃跑的混混，就在他出手阻拦的时候，三个混混就被凌宇轩制服了。天宇跟着淩宇轩到了他在郊外的小屋，尝到了淩宇轩的厨艺，还和他活泼开朗的妹妹凌雨辰打成一片。凌雨辰为了给过生日的哥哥准备礼物。把哥哥和天宇支去钓鱼，自己跑到外面准备礼物，却遇到被迫在餐馆打工还饭钱的罗茂三人，他们把凌雨辰挟持了，准备报复宇轩。与此同时，向蒙遵照马休的命令，在附近设置机关抓捕夜幕之翼。不料，罗茂等人误入陷阱，遭到众多小型雷暴机甲的袭击。侥幸逃脱的博涛急忙找到凌宇轩求救。凌宇轩和天宇赶到时，罗茂等人的神魄已经被向蒙控制。向蒙决定用两只被控制的神魄测试一下夜幕之翼和赤焰雄狮的实力。发现夜幕之翼和赤焰雄狮果然非同一般。渡过危机的凌宇轩为了妹妹的安全决定回到新格兰，而天宇还要继续寻找诞生破天石，于是两人再次分别。

沙漠中的塔图基地，少女黎可接到命令，去碧托森林抓野生神魄，供给教授作实验。此时，天宇和赤焰雄狮来到碧托森林附近的杏梨村，却遭到那里人们的驱赶，天宇和赤焰雄狮疑惑不已。在被赶出了杏梨村时，不小心掉进了陷阱。天宇发现原来是被俩小孩雷小奇和姚小龙捉弄了。雷小奇和姚小龙自称是杏梨村神魄护卫队，将天宇当成塔图的召唤者乱扁一气。此时，雷小奇的弟弟雷小杰掉下了峭壁，雷小奇和姚小龙束手无策，天宇令赤焰雄狮巨大化，救下了小杰，小孩们这才相信，天宇不是塔图的召唤者。小孩们告诉天宇，他们在路上设陷阱，是为阻止塔图的人去碧托森林里抓神魄。陷阱果然凑效，塔图的几辆运输车翻了，但黎可的四轮驱动车却安然驶过了陷阱区。天宇和赤焰雄狮冲进碧托森林阻止黎可。正在黎可与天宇酣战的时候，向蒙出现，天宇震惊。

为了弄清向蒙的情况，天宇和赤焰雄狮前往塔图的基地寻找向蒙。不料中途遇到了前来营救帝王蝎和赤影狂蜂的狄杰和狄文。他们被基地守卫发现，遭到追捕，都被抓了起来。在牢房里，天宇见到了同样被抓的另外2个召唤者，得知赤焰雄狮可能会被改造，心急的天宇在“逃跑专家”狄杰的帮助下逃出牢房。就在彭杰庆幸抓到金色神魄的时候，天宇等人乔装并袭击了神魄实验室，营救了赤焰雄狮、帝王蝎、赤影狂蜂以及其他的神魄。天宇让狄杰带大家离开，自己准备独自去找向蒙。这时，愤怒的彭杰赶到，和天宇大战一场，天宇最后利用高压电缆击败彭杰，顺利逃脱。天宇从彭杰口中得知向蒙去了多比镇，于是和狄文狄杰一起来到多比镇，在其入口处，一只凶猛的野生神魄正向他们走了过来。

天宇等人来到多比镇，大家发现这里是以神魄为主人的特殊城镇，神魄在这里享受人类的服务。向蒙也来到这里，邀请市长等神魄官员出席竣工仪式。会长带天宇在神魄体育馆外见到了向蒙，而向蒙却警告天宇不要来捣乱。神魄体育馆建成，向蒙邀请市长等神魄官员去体验。赤焰雄狮闻到了破天石的香味，并和天宇找到了塔图在神魄体育馆下的巨大破天石矿脉。此时，向蒙出现并指挥大型雷暴机甲攻击天宇。一番战斗之後，大赤焰雄狮险胜。正在体育馆体验的市长和其他神魄都被埋伏在天花板里的小机械神魄控制，向蒙指挥它们围攻天宇和赤焰雄狮。幸好双狄兄妹在危急时刻赶到，帮助天宇制服了被控制的神魄。这时，黎可驾驶飞空艇来接应向蒙。坠落的巨石砸向天宇等人，达克斯大篷车救下众人。伊格说他是为了塔图而来的。顺利逃脱的向蒙认识到天宇对他们的威胁，认为要尽快解决他。

左木来到幽暗古堡，遇到了前来练胆的关凯，以及前来查看古堡情况的开发商邹达和他的助理莫卡，还有一个自称来调查古堡怪异现象的学者孙岩。就在邹达大方地带左木等人参观的时候，孙岩失踪了。莫卡说她看到了奇怪的东西晃动，邹达吓得独自往回跑。不久传来邹达的惊叫声，邹达也失踪了，莫卡把这些归结为妖怪作怪，不料却被左木点破，迫使莫卡承认散布谣言和装神弄鬼的事实。然而就在这时，一道巨大的鸟影闪过。左木让天翔飞鸟进化，这时，巨鸟也现出真身，它竟然是天翔飞鸟的哥哥-神风朱鸟，这时，孙岩现身，身后是被他绑起来的关凯等人以及关在笼子里的神魄。原来最近发生的神魄失踪事件就是孙岩干的，他命令神风朱鸟进攻天翔飞鸟，神风朱鸟和天翔飞鸟展开兄弟之战，最终，天翔飞鸟击毁了操控神风朱鸟的控制器，孙岩也慌忙逃离。和大家告别之后，左木看到达克斯的大篷车向他驶来。

乌鲁鲁回到了托里亚南田村，遭遇了两名自称是“雷鸣徽章召唤者”忠实粉丝的少年姚飞、张正。他们以自己理解的方式保护南田村。南田村正受到野生神魄滥捕事件的困扰，乌鲁鲁的出场解救了两只野生神魄，得知它们是被几个蒙面人和一条八岐腾蛇型神魄攻击，周焕的神魄正好是一只八岐腾蛇型神魄，所以遭到了众人的怀疑。因为发现周焕也是雷鸣徽章召唤者的粉丝，姚飞、张正和周焕起了争执，最後周焕跑走。乌鲁鲁决定跟踪周焕，查清整个事情的真相。最终，众人才发现，原来抓捕神魄的坏蛋是高奇和李峥，周焕只是想引开野生神魄，逃脱两人的抓捕。李峥两人想灭口，千钧一发之际，传说中的英雄——雷鸣徽章召唤者现身，所有人都惊呆了。乌鲁鲁惩治了李峥、高奇等人，并将雷鸣徽章，连同保护南田村和野生神魄的重任，慎重交给周焕和他的朋友们，自己同达克斯的伙伴一起，再度踏上征程。

乌鲁鲁终于跟大家汇合了，每个人都很开心。为了庆祝达克斯的再次集结，以及等待一个新成员的到来，伊格把大家带到西鲁亚的一处平原上，让天宇等人去采集食材，就在这个时候，他们接到了塔图在附近森林出没的消息，立刻赶去。向蒙、黎可、彭杰三人按照教授的命令抓了不少野生神魄，正准备返回，却被赶来的天宇等人拦住。一场大战立刻展开，让大家惊讶的是，塔图的机械神魄攻势凌厉，天宇等人毫无还手之力，黄道巨蟹和超限机械兵很快失去了战斗力，赤焰雄狮也被压制。危急时刻，凌宇轩及时赶到，天宇趁机毁掉了装载野生神魄的集装箱卡车的车轮，让塔图无法运走野生神魄。面对这样的情况，向蒙觉得再战斗下去也没有意义了，于是选择了撤退。一场热闹的庆祝被这突然发生的事件扰乱，大家都显得很沉重，这时，快递员送来了初夏的包裹，打开一看，艾莉正卷缩在里面睡觉，大家欣喜，达克斯的人齐了。

经过和塔图的战斗，达克斯意识到提升力量的重要性。在隐翅虫的指引下，天宇等人来到洛赫山寻找传说中能提升神魄力量的五颜六色的“赤龙果”。经过艰辛的跋涉后，在狄杰误打误撞的带领下，他们找到了一棵结满不同颜色果子的大树，但是有一只野生神魄守在树下。双狄兄妹引开野生神魄，天宇等人摘到了五颜六色的果子。但是吃了之后，他们发现，神魄和召唤者的身体发生了交换，大为苦恼，但通过身体交换，能亲身体验到对方平时的感受。就在这时，双狄兄妹和带着愤怒的野生神魄绕了回来。因为交换身体，一时间大家都不能达成连系，只能慌忙逃跑。不料他们又被狄杰带到了一个死胡同里，凌宇轩提议大家冷静下来，认真地感受对方，寻找第一次连系成功时的感觉。没想到，大家终于连系成功，赤焰雄狮斥退了野生神魄。危机得以解除，与此同时，飞到山崖顶部的凌宇轩又发现了一棵结满五颜六色的果子~

达克斯众人来到雪舟镇游泳消暑，天宇遇到了在雪舟镇白吃白喝的冒牌达克斯三人组-秋宇、青木和崔鲁鲁。天宇看不下去，要实力对决，结果因为吃了提升力量的赤龙果，浑身无力，被打得很惨。塔图正利用雪舟镇火山的地热来提取能量，萃取破天石，然而，能量提取过度，马休让雪舟镇所有塔图研究人员撤离。天宇一路跟踪著冒牌三人组来到假达克斯基地，结果发现，三人组到处拿吃的喝的，其实是为了一群小孩子。这时火山突然喷发！伊格让天宇四人拦阻流下的熔岩，为雪舟镇人员转移争取时间。但火山喷发猛烈，天宇等人无法阻拦，为了保护召唤者们，赤焰雄狮、夜幕之翼等神魄将天宇等人扔到安全领域，自己被喷发的熔岩淹没。正在众人惊惶怔愣的时候，三道光柱冲天而起-在高温的诱因下，神魄超进化启动，但赤焰雄狮却没任何反应。天宇拼命呼唤赤焰雄狮，终于赤焰雄狮感应到了天宇的呼唤，觉醒并完成神魄超进化。这时，托里亚智希城，女王向达克斯下达了护卫三国会议的命令。

托里亚、新格兰和西鲁亚决定在维嘉斯召开三方会谈，共议对付塔图的对策。达克斯奉命担任护卫工作。宰相高博出席，天宇惊讶发现高博是蓝斯的爸爸。高博自从到了维嘉斯，连续遭遇各种恶作剧行为。伊格命令天宇、双狄兄妹护卫高博的安全，蓝斯申请加入，但他一路上疑神疑鬼，以致高博忍无可忍，撤掉了他的护卫工作。蓝斯沮丧不已，因为无论他做什么，高博也从不夸奖他半句。天宇决定帮助蓝斯！会议当天，蓝斯装扮成变色龙型神魄，想找出搞恶作剧的人。但最终是淩宇轩找出捉弄高博的家伙是高博的秘书。这时，机械神魄突然入侵，众人欲掩护高博撤离，天宇等人同高博分散，只有蓝斯护在高博身边。为了救高博，蓝斯被镭射擦过，飞坠向走廊外的高空，千钧一发之际，高博拉住了蓝斯的手。正在此刻，凌宇轩骑着暗夜苍龙赶到救援，和烈焰狂狮一起消灭掉了所有机械神魄。原来在高博心中，蓝斯一直都做得很好，他只是不好意思夸奖蓝斯而已。塔图基地死亡之塔里，马休正接收着烈焰狂狮的战斗资料，露出阴笑。

代飞驱使狂猩机人在边境要塞大肆破坏，幸而达克斯及时赶到。赤焰雄狮和狂猩机人交战的时候，天宇发现狂猩机人的眼神很熟悉。基地里，代飞为了再次单独挑战金色神魄赤焰雄狮，让黎可帮忙引开其他达克斯成员的注意力，顺便帮教授收集神魄超进化后的战斗资料。另一边，天宇终于想起来那个眼神就是金刚冥猩的眼神，天宇非常难过，迫不及待地想把它救回来，而这时，他们同时受到几个地方的求救资讯。天宇等人分头行动。天宇跟代飞在岩石山下对战，赤焰雄狮受到被改造后的狂猩机人的压制，束手束脚。天宇用友情的力量唤醒了金刚冥猩的一丝意识，帮天宇它们找到了控制装置的位置。为了不伤害金刚冥猩，天宇想除去控制装置，不料小赤焰雄狮却被代飞抓去。幸而，凌宇轩及时赶到救出小赤焰雄狮。没有顾忌的天宇也奋力拔出了中枢神经控制器，成功地让金刚冥猩摆脱了代飞的控制。代飞狼狈而逃。

达克斯一行来到哈丘镇，伊格和凌宇轩前往会见新格兰治安部队官员，天宇等人在哈丘镇逛街观光，乌鲁鲁一不小心走丢了。这时，黎可也来到了哈丘镇，这是她出生成长的地方。闲逛时她遇见曾经的发小米娜，米娜拉着黎可问东问西，黎可觉得不胜其烦，这时，正好迷路的乌鲁鲁经过，黎可胡乱抓来乌鲁鲁当挡箭牌，躲开了米娜。黎可不愿欠乌鲁鲁人情，给乌鲁鲁带路。途中，乌鲁鲁问到了黎可曾经的神魄搭挡小疾的事，黎可当即变脸走人。乌鲁鲁察觉有异，跟踪黎可，发现了小疾的墓碑。原来，黎可曾经因听信了马休的谎言，改造小疾，致使小疾丧命。乌鲁鲁劝黎可离开塔图，但黎可不想谈论此事。乌鲁鲁见黎可心情沮丧，决定带她去散心。黎可将乌鲁鲁化妆成眼镜大婶，参加哈丘镇广场举行的只能女性参加的叉烧包大胃王竞赛。乌鲁鲁打败了同样参赛的初夏、狄文等人，夺得冠军，但黎可却给乌鲁鲁留信一封，抽身离开，她感谢乌鲁鲁，虽然下次相遇，便是敌人，但这一天的友情，已经足够。

达克斯找到了塔图的第九基地，天宇他们在基地里搜寻资料的时候，无意启动了重明鸟等三只人造神魄。三只人造神魄误把天宇他们当做塔图的成员进行攻击。幸好艾莉烤糊的蛋糕吸引了它们，让天宇等人有机会澄清事实。而在塔图这边，代飞得知彭杰放弃第九基地里的人造神魄只是因为它们不听命令，感到可惜，准备去寻找它们。伊格用激将法让它们和天宇等连系，但是尝试失败，三只人造神魄不愿被管束，溜出大篷车，艾莉为了追它们也下了车。这时，达克斯接到求救，立刻赶去营救被塔图抓捕的野生神魄。等到完成任务，才发现艾莉和三只人造神魄不在车上，急忙往回赶。这时，代飞来到基地外，正好发现三只人造神魄，便用微型控制器去强行控制它们。艾莉为了救它们，勇敢地上前阻止。艾莉的行动刺激了三只人造神魄，在危急关头，它们和及时赶到的天宇、左木、乌鲁鲁产生了感应，并成功连系。愤怒的三只人造神魄联手将代飞击败。由此，重明鸟等三只神魄成了天宇等人的第三只神魄，加入了达克斯。

三只人造神魄虽然和天宇等人取得连系，但是连系系数还是很低。凌宇轩收到了母校神魄学院的邀请函，邀请他参加“召唤者之节”。伊格让淩宇轩带天宇等人一起参加，增进他们与人造神魄的连系。天宇试图跟重明鸟拉近关系，但都闹出矛盾，重明鸟使性子独自离开。左木和乌鲁鲁却很快跟翡翠石龙和黑丽翅蜻增进了情感。重明鸟独自离开后遇到了和搭档走失的黑巫虾魁型神魄。重明鸟带它找搭档却遇上一个不良少年，天宇和赤焰雄狮赶了过来，赶跑了不良少年，重明鸟有些感动。这时，黑巫虾魁型神魄的搭档小梅找了过来，还有一位是“召唤者之节”的组织委员，他们邀请天宇去参加连系大赛。为了拉近和重明鸟的关系，天宇同意参加。在比赛的过程中，重明鸟克服了困难，成功地和天宇一起打破了有凌宇轩和夜幕之翼保持的大赛记录。经过这次活动，天宇等人和三只人造神魄的连系系数大幅上升，大家都很开心，但是伊格却显得有些落寞…

马休在库洛山附近的米亚山谷抓捕武装天龙，得知达克斯正经库洛山，便派代飞前去引开达克斯。此时在库洛山，一名记者前来采访达克斯成员们，大家都很开心，唯有伊格一脸淡寞，狄文见伊格情绪低落，便跟踪伊格想探个究竟，却意外听到伊格准备辞职离开达克斯的消息。原来，伊格从小的梦想是成为一名优秀的召唤者，可是他却天生没有连系能力，为了证明自己，伊格努力成为达克斯的队长。在目睹天宇等人一次又一次的成长后，他认为自己已不够资格担任队长，告辞离开。这时，大篷车突然接获报警-卡缇森林附近发现塔图行踪。众人联系不上伊格，只能先行出击，由凌宇轩去寻找伊格。大篷车行到卡缇森林时，中了代飞的电磁网陷阱，大家陷入慌乱。伊格和凌宇轩紧急赶来，在伊格冷静的指挥下，大篷车突破了电磁网的封锁，达克斯众人也帮助伊格解开了心结。这时，马休抓捕到了传说中的三魄神之一-武装天龙。马休的计划又前进了一步，整个大陆开始笼罩在黑暗的阴影之中。

彭杰、向蒙等人奉马休之命在康景村附近的山谷开采稀有破天石，为以后控制赤焰雄狮做准备。与此同时，达克斯为了补给物资，在康景村停留，并为大家表演杂技。彭杰等人在处理稀有破天石的时候出现意外，发生剧烈爆炸惊动了达克斯。天宇、左木、乌鲁鲁三人前来查看，跟彭杰等人交战。超进化之后的神魄实力大增，彭杰等人的机械神魄很快被压制。正当天宇等人以为可以抓捕他们的时候，一艘巨大的飞行艇出现。马休登场，展示被它驯服的两魄神-武装天龙和破灭钝鳄。它们强大的气场很快压制了天宇等人的神魄，天宇三人不肯就此认输，强行出招，但是立刻就被两魄神反制。当伊格等人赶到时，天宇三人已经大败，马休等人乘着飞行艇离开。马休离开时声称，下一次见面才是真正的战斗。

马休和两魄神的登场震惊了达克斯全员！伊格紧急联系高博，请求召开三方会谈，共商三魄神问题。在新格兰云海上空飞行的巨型飞船上，马休正和一名神秘的博士通话，博士称，只有将武装天龙的研究资料传送到他手中，马休才能得到最後一笔研究资金。马休命令向蒙加快稀有破天石的提炼进度。回到托里亚的伊格，向托里亚、新格兰和西鲁亚三国国王出示了两魄神重现大陆的证据。众人震惊，伊格请求三方能协同合作，尽一切力量找寻塔图的本部所在，在状况还没有变得更糟糕之前，由达克斯一举出动击毁塔图。此时，留守新格兰的天宇，也从隐翅虫口中，得知了三魄神的全部传说，了解了这个世界的本源。接到出发命令的达克斯大篷车，接照伊格的指令向著达洛城挺近。这时，托里亚城，在送别伊格的行阵后面，神秘的博士现身，他居然是罗琳女王身边的雷傲博士。雷傲和马休，看起来似乎正联手实施着一项可怕的实验计划。

达克斯一行到达晓光城。天宇和赤焰雄狮遇到贾福，贾福告诉天宇，一到晚上夜深人静的时候，魔笛就会被吹响，神魄就会不见了。话刚说完，就传来一阵笛声，天宇发现他感应不到赤焰雄狮的存在，便四处寻找，这时撞上了凌雨辰、罗茂、博涛三人，他们的神魄也不见了。这时，罗茂的夥伴魏星带来了赤焰雄狮的消息。天宇等人根据魏星的线索，找到了代飞的基地。原来，代飞使用马休给他的“神魄之笛”，可以轻易切断召唤者和搭挡神魄之间的连系，甚至能使神魄听从代飞的命令。代飞使用神魄之笛，操纵了赤焰雄狮。为了唤醒赤焰雄狮，天宇让重明鸟神魄进化，与失去自我意识的赤焰雄狮进行战斗。赤焰雄狮实力大大减弱，凌宇轩指出，这不是赤焰雄狮的问题，而是代飞的实力相比天宇，实在太弱。代飞生气抓狂，天宇抓住时机，令重明鸟发出绝招，终於唤醒赤焰雄狮，神魄之笛碎裂。代飞被超进化的烈焰狂狮轰飞。然而，众人的高兴并没能维系多久，伊格带来了让人震惊的消息——马休已经代表塔图，向整个大陆宣战！

马休向全世界发出宣战演说，达克斯前往塔图的总部基地-死亡之塔抓捕马休。马休早有准备，天宇在第一层遇到彭杰的阻拦。马休利用能量提升芯片把装甲巨像变成液体，让烈焰狂狮陷入进去无法动弹，彭杰不愿意牺牲装甲巨像，想让马休停手，马休镭射将他打伤。在第二层，左木遇到代飞。代飞把自己的身体和机械神魄融合在一起，展现出强大的战斗力。关键时刻神风朱鸟出现，与不死神鸟一起将代飞击杀。乌鲁鲁在第三层遇到黎可。黎可要以自我毁灭的方式向小疾赎罪。就在她发动自毁式的攻击时，丛林潜伏者却在即将爆炸的时候把她甩了出去，乌鲁鲁告诉她，机械神魄也是有“心”的。彭杰不希望装甲巨像成为傀儡，用心去唤醒了装甲巨像，最后天宇让重明鸟用必杀技破除了马休对装甲巨像的控制，救出了烈焰狂狮，但同时，装甲巨像也奄奄一息。淩宇轩在第四层遭遇了改造后的向蒙，第四层发生了剧烈的爆炸。天宇三人赶到的时候，那里剩下一个和向蒙融为一体的雷暴机甲…

朝死亡之塔顶层突进的天宇众人面前，出现了向蒙，向蒙已被马休改造，拥有强劲的破坏本能。天宇呼唤向蒙，向蒙的意识渐渐苏醒，他反抗着马休，最终引起了雷暴机甲的自爆。天宇为救向蒙，一起陷入了爆炸的火海。危急时刻，传说中的巨神漩涡霸主出现，它启用神力，让时间停止，救下了天宇和向蒙。脱险的众人，继续朝上挺进。大量的人造神魄阻住了众人的去路。重明鸟、隐翅虫、超限机械兵等神魄挺身挡住了人造神魄大军。天宇、赤焰雄狮、左木、天翔飞鸟、乌鲁鲁、苍穹蛟龙终於来到死亡之塔最顶层。马休在众人面前，召唤出破灭钝鳄和武装天龙。超进化之后的烈焰狂狮、不死神鸟和幻灭翼神龙使出必杀，全被两只三魄神消于无形，马休用稀有破天石，将天上的巨大能量引入死亡之塔，完全困住了烈焰狂狮，并告诉了天宇-三魄神的最后一只，就是烈焰狂狮。为了成为神的马休，一心想拥有三魄神的超强力量。马休企图黑化烈焰狂狮，令它觉醒，并被自己完全掌控。整个大陆陷入了巨大的危机之中！

烈焰狂狮掉进马休的陷阱，全身布满黑色的斑点，失去了意识。天宇努力唤醒烈焰狂狮，凌宇轩等人为了给天宇争取时间，联手攻击两只魄神。这个时候，天宇在精神世界中唤醒了烈焰狂狮，见到了破灭钝鳄和武装天龙的精神体，它们希望烈焰狂狮消灭自己，让世界重生。受到鼓舞的烈焰狂狮醒来，散发出万丈光芒。不甘心失败的马休让武装天龙和破灭钝鳄合二为一成为幻灭龙鳄。烈焰狂狮为了救淩宇轩等人，独自抵挡幻灭龙鳄的攻击，不料却被幻灭龙鳄往回拉。原来马休最终的目的是让三魄神三位一体，成为他的傀儡。烈焰狂狮奋力挣脱，在淩宇轩等人的配合下，全力一击打败了幻灭龙鳄。幻灭龙鳄化作点点光粒升向天空，大家以为一切都结束了，谁知马休却说这一切都是一个计划，还有其他人在操控，之后便启动了死亡之塔的自爆装置。暗夜苍龙带大家逃离了死亡之塔。在死亡之塔的废墟里，蓝斯找到了一个记忆体，初夏找到了两个诞生破天石。带著未解的谜题，达克斯回到了托利亚，看似平静的夜晚，却是暗流湧动，明天晚上将会发生什麼呢…

打倒马休，消灭掉塔图之后，天宇和他的伙伴们迎来了轻松的一天。此时，蓝斯和隐翅虫在大篷车内研究塔图资料，发现大量资料被刻意删除，有人企图掩藏某些真相。蓝斯一路追踪，查到对方终端竟位于雷傲博士宅邸。蓝正准备告知伊格，罗琳女王突然驾到。入夜，庆祝晚会开始，大家开心狂欢，但却一直不见蓝斯和隐翅虫，伊格和高博感到事情不太对劲。就在这时，罗琳女王下达了除掉召唤者和神魄的命令，并利用满月的能量，使天宇和赤焰雄狮之间的连系力量超过了临界值，启动了罕见的反连系力量。整片大陆召唤者和神魄之间的连系被切断，神魄们未经过神魄进化便巨大化，并失去理智，发狂攻击，四处破坏。众人惊诧莫名，广场一片混乱，突然一批机械兵登场，抓住了发狂的神魄们和达克斯的成员。失控的赤焰雄狮摆脱了抓捕的机械兵，逃往托里亚的郊外。天宇和向蒙也在淩宇轩的帮助下逃脱，三人决心救出被抓的朋友和搭挡们。与此同时，罗琳女王为达到其称霸大陆的野心，下令机械兵团，朝西鲁亚和新格兰进发。

机械兵军团在各地发动进攻，节节胜利。这时，天宇带向蒙和淩宇轩在第一次和赤焰雄狮相遇的洞穴里找到了赤焰雄狮，但是赤焰雄狮却癫狂地要攻击天宇。高博为了营救伊格等人，请求亲自执行伊格等人的死刑。在广场上，高博利用执刑的机会斩断了伊格等人身上的绳索，众人合力摆脱了守卫的机械兵。危急时刻，天宇和烈焰狂狮出现了。原来，天宇用自己的真诚和信任唤醒了赤焰雄狮。他们证明召唤者和神魄不仅仅是连系这层简单的关系，他们有着深厚友情。天宇利用广场上的扩散装置将这种情感的力量扩散出去，让其他的召唤者和神魄觉醒，再次并肩战斗。罗琳女王使出了最后的杀手鐧-魔立方。众人被魔立方的防护罩挡住并遭到魔立方强力雷射光束的打击，丧失了战斗力。但烈焰狂狮和天宇已经达到了心神合一的境界，他们一起发动了最后的一击，击毁魔立方。一切又归于平静，天宇和向蒙也要离开了，达克斯的成员都依依不舍。但是，就在天宇和向蒙离开不久，他们奇迹般地回来了。看来他们找到了在两个世界随意穿越的方法，他们以后可以经常回来玩了！